研究したタンパク質や核酸のNMR実験データと構造座標データはADIT-NMRを利用して、BMRBとPDB (Protein Data Bank) に登録することができます。
ここでは登録の準備から公開されるまでの流れについて簡単に説明します。
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BMRB登録に関する注意事項
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PDB登録に関する注意事項
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BMRB登録では、大きく以下の作業を行ないます。
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NMRデータファイルの作成（Step2）
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登録ウェブサイト「ADIT-NMR」を利用した、研究分子の記述や実験、論文などの研究情報の入力
また、PDB登録では、
- 原子座標ファイルおよび制限情報ファイルの作成
- 「ADIT-NMR」による構造決定についての情報入力
を行ないます。
研究分子の基本記述や実験に関する情報など、ADIT-NMRを利用する際に手元に実験ノートを用意しておくと円滑にデータ入力を行なうことができるでしょう。
ADIT-NMRで入力が必要な項目を入力必須情報の一覧に挙げました。入力作業（Step3）の事前準備としてご参照下さい。
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BMRBでは、帰属された化学シフトのようなNMRデータを登録者の皆様にBMRB規定の書式（NMR-STAR）で記述して頂き、そのテキストファイルを提供して頂いております。記述方法については、化学シフトデータファイル作成方法をご参照下さい。
PDB登録に必要な原子座標ファイルのデータ記述形式については、こちらをご参照下さい。制限情報ファイルは、計算機で使用したそのままの形式で提供することができます。
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「ADIT-NMR」を利用して、Step1で準備した情報の入力と、Step2で作成したNMRデータファイル、および原子座標・制限情報ファイルを登録サーバーへ送信して下さい。
ADIT-NMRの入力内容の説明については、次のページを参照下さい。
上記の作業が完了したら、画面上にある「Deposit to BMRB」または「Deposit to PDB」ボタンを押し、入力したデータをそれぞれBMRBあるいはPDBへ提出します。
BMRBとPDBデータは時期をずらして提出することが可能です。
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BMRBあるいはPDBの登録番号はADIT-NMRによって自動的に発行されます。それぞれのIDが記された通知メールは、登録データの提出後しばらくして登録者に届きます。
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***** 登録番号通知メールの受け取り *****
これらのIDが、BMRBおよびPDBの正式な登録番号となります。
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データ記述の整合性確認、化学シフト値のBMRB統計値との比較、その他データベースの関連登録データとの比較など、学術上妥当性の確認を行います。この結果について、それぞれBMRBおよびPDBのBMRB担当者より登録者へ確認結果メールを送信します。
自分のBMRB登録が登録処理中かどうかは以下のページで確認できます。
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***** 確認結果メールの受け取り *****
通常、登録後１週間以内に通知されます。
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登録データは、確認結果メール内に記載されるURL（登録データ確認用ウェブサイト）で閲覧できます。BMRBあるいはPDBからの通知と登録データの内容を登録者側で確認して下さい。質問あるいはデータの修正等がある場合には、それぞれの担当者へ7日以内に返信して下さい。 |
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*** 返信メールの受け取り ***
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登録者からの返信メールの内容を登録データに反映させ、最終処理を行なった後に登録データを公開保留にします。
自分のBMRB登録が公開保留中かどうかは以下のページで確認できます。
登録者は保留中の登録データを確認用ウェブサイトでいつでも閲覧できます。データの追加・修正がある場合、連絡頂けると随時更新することが可能です。
BMRBまたはPDBのスタッフは、公開前に文献情報を確認し更新します。
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登録者がADIT-NMRで指定した公開の条件を満たす日に、BMRBおよびPDBウェブサイト上で登録データを公開します。
ここ1ヶ月間に新規公開されたBMRB登録は以下のページで確認できます。
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指定の公開日以降において、登録データがBMRBウェブサイト上で公開されていることを確認します。
何か不明な点や質問がある場合はPDBj-BMRBグループまでご連絡下さい。
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